1522 – Paweł Kauffmann bogaty kupiec i rajca krakowski, starszy bractwa Panny Maryi przy kościele Mariackim funduje kaplicę w pomieszczeniu na drugiej kondygnacji wieży południowej kościoła. Z czasu tej fundacji zachowały się elementy kamieniarki – klatka schodowa oraz balkon w przejściu do kaplicy, portale z wykutymi sentencjami łacińskimi : MODICUM LETA VOLUPTAS, obramienie okna kaplicy w elewacji wieży ozdobione gmerkiem Kauffmannów, oraz chór usytuowany we wnętrzu kościoła na zakończeniu nawy południowej również ozdobiony gmerkiem. Portal we wnętrzu kaplicy prowadzący na tenże chór został opatrzony datą MDXXII. Dzięki bezpośredniej komunikacji z wnętrzem kościoła patroni kaplicy mogli uczestniczyć w odprawianych w nim nabożeństwach. Wytworna dekoracja tych elementów kamieniarki nosi cechy florencko-rzymskiego renesansu i została wykonana przez warsztat pracujący na Wawelu przy kaplicy Zygmuntowskiej. Ołtarz w kaplicy ze sceną główną przedstawiającą „Nawrócenie św. Pawła”, „Złożenie Chrystusa do grobu” w predelli oraz „Chrystusa królującego wśród aniołów” w zwieńczeniu był dziełem malarza Michaela Lancza z Kitzingen. Na ścianach kaplicy zachowały się zacheuszki z okresu tej fundacji. Wyposażenia dopełniały stalle o cechach stylowych gotycko-renesansowych oraz szafka na paramenty liturgiczne w ścianie północnej koło ołtarza. 1546, 1548,1582 – Sgraffitti na ścianach kaplicy z tych lat zostały odkryte w czasie konserwacji wnętrza w marcu 2002. 2 poł. XVI w. – kaplicą opiekuje się rodzina Kislingów (córka Pawła Kauffmanna Anna była żoną Jana Kislinga) 1614 – poświęcenie kaplicy i ołtarza pozostających od roku 1607 pod patronatem Waleriana Montelupiego. Z patronatem Montelupich (używających również polskiej formy nazwiska Wilczogórscy) można wiązać nowe elementy wystroju kaplicy. Okazały drewniany, polichromowany kartusz herbowy obecnie pełni rolę zwornika sklepienia, obrazy umieszczone w górnej partii ścian zaprojektowane od początku do tego wnętrza przedstawiają na ścianie południowej śś. Biskupów Walerego i Stanisława adorujących Matkę Boską, na ścianie zachodniej śś. Dominika i Jacka Odrowąża adorujących św. Franciszka z Asyżu. Szczególnie efektowna była polichromia obecnie częściowo zrekonstruowana na sklepieniu, podniebiu glifów i fragmentach ściany wschodniej. Przemalowane zostały zacheuszki. 1615 – nuncjusz papieski w Polsce wydał przywilej dla kaplicy. 1624 – zapisu na rzecz kaplicy dokonał Sebastian Montelupi. Zapis ten dawał podstawy materialne funkcjonowania kaplicy, zawierał też ufundowane przez Sebastiana szaty i naczynia liturgiczne. 1711 – protokół wizytacji przeprowadzonej przez bpa krakowskiego Kazimierza Łubieńskiego notuje bogate wyposażenie kaplicy w paramenty i szaty liturgiczne. 2 poł. XVIII w. – o użytkowaniu kaplicy w tym czasie świadczyć ma dekoracja – tzw. marmurek na drzwiach szafki i ramach obrazów. 1893 – z kaplicy nieużytkowanej z powodu przepadnięcia funduszy na jej utrzymanie po rozbiorach przeniesione zostały obrazy ołtarzowe. Zakonserwowane i oprawione na nowo znalazły miejsce w przezbiterium, ustawione na gotyckiej mensie ołtarzowej po północnej stronie głównego ołtarza Wita Stwosza. 1940 - obrazy Lancza zostały przez Niemców zrabowane i do dziś nie zostały odnalezione. 2002 – kompleksowe prace konserwatorskie obejmujące wnętrze kaplicy, kamieniarkę i klatkę schodową przeprowadziła firma AC Konserwacja Zabytków Piotrowski Kosakowski. Prace były współfinansowane przez SKOZK. Na podstawie dokumentacji konserwatorskiej autorstwa mgr Ewy Gliwa-Kaweckiej z 2003 r.